小型凍干機帶有自動控制系統，并同時兼備有手動控制功能。所謂凍干機的自動控制應該包括二個部分，一是凍干機的各零部件按凍干工藝要求在規定的時間自動運行開關；二是干燥室板層溫度按凍干曲線要求自動跟蹤，整個凍干進程不需要人工操作，操作人員僅負責監控。
在整個小型凍干機的運作中，SIP流程對凍干機工作所需的潔凈度起著至關重要的作用。這就對凍干機SIP中涉及到的元器件要求具備嚴苛的潔凈和無菌標準。其實不僅僅是凍干機，輔助流程中的CIP和SIP被全面應用于對潔凈度和無菌性有要求的所有場所。
小型凍干機在干燥前后的突發問題解決方法：
1.結晶
冷凍干燥機在預先冷卻時箱內有許多水分結霜于隔板上，產品進箱時，霜從隔板中掉入產品中結晶中心，從而使產品結晶。產品預先加塞或加蓋，或者產品進箱后再開機預凍。實現凍干后自動壓塞，同時期待此設備能夠解決不提前半壓塞，解決結晶問題。
2.噴瓶現象
噴瓶是影響凍干制劑外觀質量的重要因素，噴瓶的原因主要在三個方面：藥液中的氣泡、預凍、干燥速率。
制品在分裝過程中，當溶液分注入瓶中時，由于液體流速較快，形成一定量的氣泡存在于瓶內液體中，此時應將裝瓶液體放置一定時間讓氣泡充分逸出，否則被凍結在制品內部，當升華過程抽真空減壓時，氣體逸出帶有部分制品黏附于瓶壁上。凍結過程預凍溫度不夠低或保持時間不夠長，未能使溶液全部固化，真空升華干燥時，溶液的溫度至共晶點時，溶液和水同時結晶析出，液體沸騰，造成噴瓶。應嚴格控制預凍溫度，預凍溫度比共晶點溫度要低15℃保持2-3h，就可以保證凍實。
升溫過快造成制品上下溫差過大，下部制品的結晶不是從固體到氣體升華，而是從固體、液體到氣體蒸發，形成噴瓶。這樣就造成制品上不均勻、疏松，呈海綿狀的理想外觀，下部則呈硬結和不規則的空穴，嚴重時可造成產品報廢。因此應該嚴格控制升華干燥階段特別是在共晶點附近的升溫速率，均勻且不宜過快。
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